A população de jacarés do Pantanal é estimada em 32 milhões de indivíduos (CPAP - EMBRAPA). Ao lado dos tuiuiús, os jacarés são a 'marca registrada' do Pantanal. O Jacaré-do-Pantanal (Caiman crocodilus yacare) pode ocupar habitats diversificados na planície inundável; por ocasião das cheias (janeiro a junho), dispersam-se pelos campos alagados, enquanto que, durante a seca, são mais frequentemente encontrados nos rios, baías e lagoas.

Outra espécie animal também é marcante para o Pantanal em vista das lendas que traz a seu respeito, a sucuri. Duas espécies de sucuris podem ocorrer na área da Bacia do Alto Paraguai. A "sucuri amarela" ou "sucuri do Pantanal" (Eunectes notaeus) tem menor porte e é mais comum em campos inundados e rasos da planície, alimentando-se de itens relativamente pequenos, principalmente aves paludícolas. A outra espécie de sucuri (Eunectes murinus) tem porte muito mais avantajado e ocorre com maior frequência na calha dos rios, tanto na planície como nas serras e planaltos do entorno. Com respeito a família Boidae, da qual faz parte a sucuri e as jibóias, todas as espécies da família estão incluídas no Anexo II da CITES (Documento Internacional sobre Comércio de Animais Silvestres). Somente no período compreendido entre 1977 e 1983, foram exportados legalmente para os Estados Unidos, pelo menos, 122.256 indivíduos vivos para abastecer o mercado de répteis de estimação.

Um levantamento de anfíbios registrou a presença de 35 espécies distribuídas em 5 famílias diferentes

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