O Pantanal representa um mosaico de ambientes aquáticos, permanentemente ou sazonalmente alagados, e ambientes secos. Estas formações são fortemente influenciadas por três dos maiores biomas da América do Sul, em termos da origem das espécies de fauna e flora. Estudos preliminares da flora local (Prance e Schaller, 1982) mostram uma mistura de árvores do cerrado do Brasil Central, do chaco boliviano e paraguaio e da Amazônia, assim como espécies típicas de áreas alagadas.

 Nos cerrados é possível encontrar árvores típicas como o "pequi" (Caryocar brasiliensis), cujos frutos são comestíveis e muito usados para fazer o famoso licor de pequi de Mato Grosso; a "lixeira" (Curatella americana), cujas folhas são tão duras e ásperas que parecem lixas, e o "ipê-amarelo" (Tabebuia caraiba), considerada a árvore-símbolo do Brasil. Nas florestas secas pode-se encontrar lado a lado o "jatobá amazônico" (Hymnea courbaril), com seus frutos apreciados por roedores e alguns pássaros, e a "orelha-de-negro do chaco" (Enterolobium contortisiliquum). Em conjunto com estas espécies e mais frequente nas vertentes dos morros estão os cactos de influência do chaco, como o Cereus peruvianus e Cereus bonplandii, assim como a "coroa de frade" (Oppuntia stenarthra). Na mesma área encontra-se a "barriguda" (Ceiba pentandra), com reservatório para acúmulo de água num tecido especial de sua casca, daí a origem de seu nome popular. Esta árvore pode alcançar até 40 metros de altura na Amazônia e áreas adjacentes, enquanto que no Pantanal alcança, no máximo, a altura de 20 metros.

 Nas margens do Rio Paraguai encontram-se matas de galeria dominadas por "ingá" (Inga spp) e suas vagens típicas, comidas por aves, mamíferos e peixes. E mais, suas flores são disputadas por beija-flores, abelhas e marimbondos, por causa de sua alta concentração de néctar. Na mesma mata encontra-se a "piúva pantaneira" ou, como é conhecida em outras regiões do país, o "ipê-rosa" (Tabebuia impetigosa), que cria um tapete de flores no chão por volta do pico da estação seca. As flores são atrativas a aves e mamíferos, de morcegos à noite à cervos que as comem durante o dia.

 Plantas aquáticas são dominantes nos braços de rios e lagoas, onde podem ser encontradas "vitórias-régia" (Victoria cruziana), a rainha dos aguapés, pelo tamanho de suas folhas e por suas flores, como também por sua beleza. Podem-se também encontrar plantas sem raiz, flutuantes, como a "baronesa" ou "aguapé" (Eichornia crassipes) ou plantas com raízes até o fundo, como Echinodorus paniculatus. Muitas destas plantas possuem reprodução vegetativa durante a época das cheias e, quando as águas baixam, enraizam-se na lama, mudando sua aparência e produzindo flores para a reprodução sexuada. Quando confinadas a uma área, produzem jardins de flores maravilhosos neste estágio de seu ciclo de vida.

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